Trzy lata później dowodził zbrojną wyprawą przeciw zbuntowanemu Bohdanowi, hospodarowi wołoskiemu usuwając go z tronu. Na jego miejsce osadził Piotra, syna Eliasza, przychylnego Polsce. Po objęciu tronu przez Kazimierza Jagiellończyka był jednym z zaufanych króla.

Doprowadził do małżeństwa króla Kazimierza Jagiellończyka z Elżbietą Rakuszanką. Reprezentował on stanowisko królewskie w trudnych rokowaniach z zakonem krzyżackim w Łasinie na początku wojny trzynastoletniej (1455). Król wyjeżdżając na Litwę 1456 roku powierzył Janowi obronę ziemi krakowskiej.

Mąż stanu wielkiego znaczenia i energii w działaniu. Jako stronnik kardynała Oleśnickiego, popierał jego działania.

W 1458 musiał ustąpić z kasztelanii krakowskiej. Rok później zmarł. Jego jedyna córka Agnieszka Ligęza Czyżowska, która wyszła za Jana Zaklikę z Międzygórza. Ich potomkowie będą się pisać nazwiskiem jej ojca „Zaklika Czyżowski” lub „Zaklika z Czyżowa”.

31 grudnia 1435 roku podpisał akt pokoju w Brześciu Kujawskim.

Przypisy Codex diplomaticus Regni Poloniae et Magni Ducatus Lituaniae, wydał Maciej Dodgiel, t. 4, Wilno 1764, s. 133..