A w czasie słoweńskiej wojny o niepodległość (wojna dziesięciodniowa) pomagał, wraz z kilkoma innymi pisarzami (zwłaszcza Alešem Debeljakiem i Tonem Pavčkiem) manifestować międzynarodowe wsparcie dla niepodległości Słowenii.
Pod koniec lat 90., zorganizował, wspólnie z historykiem Vasko Simoniti, wystawę zatytułowaną Ciemna strona księżyca (Temna stran meseca), która dotyczyła pogwałcania praw człowieka w Słowenii w czasie dyktatury komunistów. W 2000 roku, wywołał kontrowersję esejem Ksenos i ksenofobia, wydanym przez najpopularniejszy w Słowenii dziennik Delo, w którym oskarżył liberalne media o wzburzanie ksenofobii i antykatolicyzmu (sam Jančar jest agnostykiem). Jednakże były to oskarżenia, które powtarzał od 1994, kiedy to w eseju Egipskie garnki mięsa (Egiptovski lonci mesa) oskarżył liberalne media o pomoc w wypromowaniu szowinistycznej Słoweńskiej Partii Narodowej.
Jakkolwiek nigdy aktywnie nie uczestniczył w polityce, to jednak publicznie popierał Słoweńską Partię Demokratyczną w wyborach powszechnych w 2000 i 2004 roku.