W okresie Wielkiego Terroru Miranda był kilkakrotnie aresztowany, groziła mu deportacja po ponownym ataku Dyrektoriatu na rojalistów i żyrondystów. Miranda był oskarżony i aresztowany, jednak oczyszczono go z zarzutów. Nazwisko Mirandy zostało umieszczone na Łuku Triumfalnym, zbudowanym w Paryżu w czasach Pierwszego Cesarstwa. Miranda powrócił do Londynu i tam rozpoczął działania mające na celu wyzwolenie Ameryki Południowej.
Ameryka Południowa thumb|250px|Francisco de Miranda w więzieniu w Kadyksie. Największym dziełem Mirandy jest z pewnością jego walka o niepodległość kolonii hiszpańskich w Ameryce. Plan Mirandy przewidywał wyzwolenie Ameryki Południowej spod panowania Hiszpanii i Portugalii i stworzenie na tym obszarze niezależnego cesarstwa, rozciągającego się od rz. Missisipi aż do Przylądka Horn. Ustrój cesarstwa był wzorowany na monarchii angielskiej: dziedzicznym cesarzem miał zostać przedstawiciel inkaskiej rodziny królewskiej, zwany „Inką”, co miało być gestem wobec rdzennych mieszkańców kontynentu, współrządzący z dwuizbowym parlamentem. Państwo miało być nazwane „Kolumbią”, na cześć Krzysztofa Kolumba.