Po studiach rozpoczął praktykę u Ottona Heubnera w Charité w Berlinie. W Berlinie poznał swą przyszłą żonę, Marię Christine van Husen. W roku 1902 został lekarzem-asystentem w szpitalu dziecięcym św. Anny w Wiedniu u Theodora Eschericha. Po habilitacji w roku 1908 był już znanym lekarzem i jego sława dotarła do Ameryki. Zaproponowano mu stanowisko profesora na oddziale dziecięcym Uniwersytetu Johna Hopkinsa w Baltimore. W roku 1910 powrócił do Europy i podjął pracę w Breslau (dzisiejszym Wrocławiu), a później w Wiedniu.
28 lutego 1929 Clemens von Pirquet wraz z żoną popełnił samobójstwo, trując się cyjankiem.
Spuścizna Jedna z ulic w Wiedniu, w 22 Dzielnicy tzw. Donaustadt została nazwana na cześć Clemensa Pirqueta – Pirquetgasse.
Na cześć Clemensa Pirqueta przyznawane są dzisiaj nagrody:
Medal Klemensa Pirqueta, przyznawany przez Austriackie Towarzystwo Allergologiczno-Immunologiczne (ÖGAI), oraz Nagroda Klemensa Pirqueta, przyznawana przez Austriackie Towarzystwo Medycyny Dziecięcej.