Po dwumiesięcznym pobycie w więzieniu lubelskim Weissbergowi wręczono opaskę z gwiazdą Dawida i zwolniono, wydając jednocześnie nakaz osiedlenia się w Krakowie (prawdopodobnie z uwagi na miejsce urodzenia). W Krakowie Weissberg zamieszkał u krewnych. Udało mu się nawiązać kontakt z przebywającym w USA Einsteinem. Einstein zaproponował tymczasowo Weissbergowi katedrę uniwersytecką w Manili (Filipiny), deklarując, że stamtąd sprowadzi go do Stanów Zjednoczonych. Do wybuchu wojny niemiecko-sowieckiej w czerwcu 1941 emigracja Żydów z Niemiec i krajów przez nie okupowanych była nadal możliwa. Jednakże Weissberg otrzymał odmowę zgody władz okupacyjnych Generalnego Gubernatorstwa na wyjazd. „To przypieczętowało mój los jako fizyka. Po latach nie mogłem już wrócić do mego dawnego powołania” – napisał później.
21 marca 1941 (najpóźniej w GG) hitlerowcy utworzyli getto krakowskie. Weissberg początkowo zamieszkał tam, ale po znalezieniu się na niemieckiej liście zakładników spośród „starszych” getta (przeznaczonych do ewentualnego rozstrzelania), zbiegł z Krakowa i przebywał do września 1942 w gettach w Bochni i w Tarnowie. Wobec rozpoczęcia masowej zagłady Żydów polskich przeszedł na całkowicie nielegalny tryb życia na stronie aryjskiej, wyjeżdżając do Warszawy.