W nocy z 30 na 31 sierpnia dowodził nieudanym desantem kanałowym na plac Bankowy, którego celem było przebicie drogi dla oddziałów powstańczych ze Starówki, tak aby mogły przejść do śródmieścia i przenieść ze sobą rannych. Za walki na Woli odznaczony został Krzyżem Walecznych.
Po upadku powstania płk Jan Mazurkiewicz wybrał z najbliższych współpracowników grupę żołnierzy, która miała kontynuować działalność konspiracyjną. Ścibor-Rylski oraz mjr „Witold” (Tadeusz Runge) zgłosili się jako cywile do obozu przejściowego w Pruszkowie (Dulag 121). Następnie skierowano ich do szpitala w Grodzisku Mazowieckim. Przedostali się do Milanówka, gdzie nadal działali w konspiracji. 17 stycznia 1945, po wyzwoleniu Warszawy, przenieśli się do Łowicza. Ich głównym zadaniem była obserwacja sytuacji na terenie kraju. Jednocześnie cały czas utrzymywali kontakt z „Radosławem”, który kierował siecią wywiadowczą w okolicach Częstochowy i Krakowa.