Na jeziorze leżą 1763 wyspy, z których większość (1273 wyspy) znajduje się na wodach kanadyjskich. Znacznie różnią się wielkością i mają rozmiary od niewielkich skał wystających z wody do wyspy Royale, której długość wynosi 71 km. Wielkość większości z nich (71%) nie przekracza powierzchni jednego hektara, lecz reprezentują one tylko 0,2% całkowitej powierzchni wysp. Trzy największe: Isle Royale, St. Ignace Island oraz Michipicoten reprezentują 62% całkowitej powierzchni wysp. Większość wysp ma status obszarów chronionych o różnym stopniu dostępu. Są one siedliskiem wielu gatunków roślin i zwierząt, a także ważnymi punktami przystankowymi w czasie migracji ptaków.
Najważniejszymi wyspami na Jeziorze Górnym są: Isle Royale (555 km², znajduje się na niej kilkadziesiąt małych jezior i zbiorników wodnych, z których największe jest jezioro Siskiwit, mające 16,8 km²), St. Ignace Island (274 km²), Michipicoten (184 km²), Simpson Island (73 km²), Madeline Island (62,2 km²), Stockton Island (40 km²), Outer Island (31,8 km²), Patterson Island (22 km²), Oak Island (20,3 km²), Sand Island (11,6 km²), Pic Island (11 km²), Wilson Islan (19 km²), Edward Island (16 km²), Fluor Island (14 km²), Caribou Island (12 km²), Vein Island (10 km²) i Mortimer Island (8 km²).