Z powodu nieobecności na wspomnianych tu monetach rysunków zwierząt i ludzi sugeruje się, że Jan Hirkan I wytrwał w zakazie kultu bożków. Znany jest jeden przypadek jego konfliktu z faryzeuszami, którzy krytykowali jego podwójną władzę jako arcykapłana i władcy o czym wzmiankuje Józef FlawiuszSievers, 153-154.. Miało to spowodować utratę ich wpływów oraz polepszenie się pozycji saduceuszy. Jednak istnieje kilka powodów aby wątpić relacjom Józefa. Wszystko wskazuje, że faryzeusze nie posiadali żadnych wpływów aż do czasu Salome, a monety odkryte wokół Betlejem przeczą jakoby Hirkan dzierżył władzę absolutną. Prawdopodobnie Flawiusz chciał opisując to zajście podwyższyć status faryzeuszy z którymi był związany za dynastii hasmonejskiejSievers, 155.. Pod koniec życia Hirkan dokonał rozdziału władzy zostawiając władanie nad państwem swojej żonie, a syna Arystobula I ustanawiając arcykapłanemGaalyahu, 55.. Józef Flawiusz tak podsumowuje w „Wojnie żydowskiej” panowanie Hirkana: