Radę Programową powoływał minister sprawiedliwości i liczyła ona 9 osób: 5 członków wskazanych przez ministra sprawiedliwości, 2 członków wskazanych przez Krajową Radę Sądownictwa spośród sędziów oraz 2 członków wskazanych przez Radę Prokuratorów przy Prokuratorze Generalnym spośród prokuratorów. Kadencja Rady Programowej trwała 5 lat. Członek Rady mógł być powołany jednorazowo na jeszcze jedną kadencję.
Dyrektor Krajowego Centrum kieruje Krajowym Centrum i reprezentuje je na zewnątrz. Dyrektora Krajowego Centrum powołuje minister sprawiedliwości, po zasięgnięciu opinii Krajowej Rady Sądownictwa i Rady Prokuratorów przy Prokuratorze Generalnym, na okres 5 lat z możliwością jednorazowego powołania na kolejną kadencję.
Dyrektorem Krajowego Centrum był Andrzej Leciak, zastępcami Ewa Stryczyńska i Hanna Wnękowska-Kryże, a członkami Rady Programowej Andrzej Wróbel (przewodniczący), Jerzy Engelking (wiceprzewodniczący), Jacek Gudowski, Wiesław Kozielewicz, Andrzej Kryże, Zbigniew Merchel, Beata Morawiec, Przemysław Piątek i Bogdan Święczkowski (stan na 4 września 2007).