W latach 1940–1941 w wyniku sporów kompetencyjnych oraz rywalizacji Franka z Krügerem kilkuset członków formacji zasiliło Waffen-SS. Od roku 1942 jednostki te zwalczały także partyzantów, brały udział w akcjach represyjnych i eksterminacyjnychEncyklopedia II wojny światowej, MON, Warszawa 1975.. Członkowie organizacji pełnili funkcje pomocnicze w akcjach wyłapywania i izolacji Żydów w Krakowie, w dystrykcie lubelskim, podczas Operacji Reinhardt, na Zamojszczyźnie oraz innych policyjnych akcjach wysiedleńczych Polaków i ŻydówConstructing nationalities in East Central Europe Von Pieter M. Judson, Marsha L. Rozenblit..
Umundurowanie Członkowie Sonderdienstu byli umundurowani i uzbrojeni według sortu mundurowego obowiązującego w Wehrmachcie. Wyglądali podobnie do innych jednostek wojska niemieckiego. Odróżniały ich czerwone opaski noszone na lewym przedramieniu z czarnym napisem „Generalgouvernement Polen Sonderdienst” oraz naszywka z napisem „Sonderdienst Generalgouvernement” wokół godła Generalnego Gubernatorstwa.
Zbrodnie Sonderdienstu