Późniejsze analizy filogenetyczne, w szczególności molekularne, wykazały, że Butomaceae są siostrzane żabiściekowatym Hydrocharitaceae i z nimi tworzą wspólny klad z żabieńcowatymi Alismataceae.
Pozycja systematyczna według APweb (aktualizowany system APG IV z 2016) Łączniowate należą do rzędu żabieńcowców i jako grupa siostrzana dla żabiściekowatych (Hydrocharitaceae) zajmują w jego drzewie filogenetycznym następującą pozycję:
Zmienność wewnątrzgatunkowa Jako odrębny gatunek opisany został Butomus junceus Turcz., jednak takson ten nie jest uznawany za zasługujący na miano gatunku. Propozycja wyodrębnienia tego taksonu odnosiła się do populacji występujących w Azji Wschodniej. Wyróżniają się one od tych z Azji południowo-zachodniej i Europy krótszą łodygą (do 70 cm), mniejszą liczbą kwiatów i prostym (a nie wygiętym) znamieniem.
Rośliny zanurzone, niekwitnące, o liściach wiotkich i pływających opisywane były jako forma B. umbellatus f. vallisneriifolius (Sagorski) Glück (także f. submersa).