Po raz pierwszy użyła ich US Navy na samolotach uderzeniowych Douglas A-4 Skyhawk.
Rok później, 18 kwietnia 1966 roku, pociski AGM-45 zostały po raz pierwszy użyte przez samoloty bojowe F-105F/G Thunderchief grupy Wild Weasel amerykańskich sił powietrznych. Wówczas Thunderchiefy wykonywały zadanie zwalczania systemów przeciwlotniczych i przeciwrakietowych przeciwnika – SEAD (Suppression of Enemy Air Defenses). Celem była bateria armat przeciwlotniczych nakierowywana przez artyleryjską stację radiolokacyjną SON-9. W kierunku sygnału emitowanego przez radar wystrzelono pocisk Shrike. Operator uzbrojenia na pokładzie Thunderchiefa stracił pocisk z pola widzenia w momencie, gdy ten wleciał w gęstą mgłę, jednak chwilę później radiolokator „zamilkł”, co zostało uznane za jego skuteczne porażenie.
AGM-45 nie był jednak konstrukcją idealną. W pierwszej wersji AGM-45A silnik rakietowy pracował maksymalnie dziesięć sekund. Dalszą drogę pocisk pokonywał lotem ślizgowym. Załogi maszyn Wild Weasel wykorzystujących pociski Shrike oraz ich przeciwnicy, szybko zdały sobie sprawę z ich ograniczeń.