Aby faktycznie usunąć pliki znajdujące się na dysku, muszą zostać one nadpisane.
Wiele programów odpowiedzialnych za formatowanie nie wykonuje tego, co nie jest bezpieczne, ponieważ takie dane jest łatwo odzyskać. Dzięki formatowaniu możemy zmienić również system plików, rozmiar jednostki alokacji oraz pojemność (poruszając się w zakresie faktycznej pojemności danego nośnika danych). Formatowanie dysku często towarzyszy reinstalacji systemu operacyjnego.
Formatowanie w systemie DOS W systemach MS-DOS i PC-DOS formatowanie dysku przeprowadza się, używając programu FORMAT. FORMAT zazwyczaj pyta o potwierdzenie formatowania, aby uniknąć przypadkowej utraty danych, jednak niektóre jego wersje zawierają opcję /AUTOTEST. Opcja ta powoduje, że pytanie o potwierdzenie jest pomijane. Makrowirus WM/FormatC wykorzystywał tę cechę programu FORMAT do sformatowania dysku C: po otwarciu dokumentu, który zawierał kod wirusa.
Polecenie FORMAT ma także jeszcze jeden nieudokumentowany przełącznik /U, który powoduje zamazanie danych na dysku w celu uniknięcia możliwości odzyskania tych danych.