W 1993 Pacepa opublikował Dziedzictwo Kremla, w której to książce próbował pokazać, że jego rodzimy kraj nie musi egzystować jako komunistyczne państwo policyjne. W 1999 wydał Czarną Księgę Securitate, która stała się bestsellerem w Rumunii. Pisywał do konserwatywnych amerykańskich gazet, takich jak „National Review”, „FrontLine”, „The Wall Street Journal” czy „The Washington Times”.

7 lipca 1999 Najwyższy Sąd Rumunii unieważnił wyrok śmierci Pacepy, przywracając mu odznaczenia wojskowe i zwracając majątek skonfiskowany podczas rządów Ceaușescu. Jednak nie zostało to zaakceptowane przez rząd Radu Vasile, który wciąż składał się z byłych podwładnych Pacepy. Zachodnie artykuły głosiły, że Rumunia wciąż nie jest państwem prawa. W grudniu 2004 rząd Rumunii przywrócił Pacepie stopień generała.

W styczniu 2007 Pacepa opublikował w „National Review” artykuł, w którym opisuje dezinformacyjną operację KGB, mającą na celu oczernienie Piusa XII jako rzekomego „sympatyka nazistów i antysemitę zachęcającego Hitlera do przeprowadzenia Holocaustu”.