Nagrywanie Do nagrywania utworu doszło po półtora roku od początku jego powstawania. Utwór był nagrywany w studiu Abbey Road 14 czerwca 1965, a trzy dni później zostały dograne m.in. dodatkowe partie wokalne McCartneya. Istnieją dwie sprzeczne relacje o przebiegu sesji, z których najczęściej cytowaną pozostaje wersja, według której McCartney nagrał „Yesterday” sam, nie próbując angażować pozostałych członków The Beatles. Inne źródła podają, że cały zespół próbował opracować aranżację kompozycji na różne instrumenty (m.in. perkusję i organy), a George Martin najpierw przekonał muzyków, by utwór grał tylko McCartney na gitarze akustycznej Epiphone Texan, a później zaproponował dodanie podkładu wykonanego przez kwartet smyczkowy. Ostatecznie w nagrywaniu nie brał udziału żaden z członków The Beatles poza McCartneyem.
Gitarę i śpiew nagrano w dwóch podejściach 14 czerwca 1965(1994) Album notes for Anthology 2 by The Beatles, 10 [booklet]. London: Apple Records (31796).. Drugie wykonanie, z dołączonym podkładem smyczkowym, przeznaczono do publikacji. Zapis pierwszego podejścia został później umieszczony na albumie kompilacyjnym Anthology 2.