Nowożytność Pelplin był odwiedzany przez wielu znanych władców, m.in.: Zygmunta III Wazę w 1623 roku, króla Szwecji Gustawa Adolfa w 1626 roku (ograbiono wówczas bibliotekę pelplińską, największą na Pomorzu), Władysława IV Wazę w 1623 i 1635 roku, Jana III Sobieskiego w 1668 i 1677 oraz wdowę po królu Michale Korybucie Wiśniowieckim królową Eleonorę. W 1659 roku w czasach potopu Szwedzi zniszczyli miejscowość.
Po I rozbiorze w 1772 Pelplin przeszedł pod panowanie Prus, wprowadzono wtedy ograniczenia w działalności klasztoru, w 1821 nastąpiła jego kasata. Mimo tego w 1821 roku Pelplin stał się stolicą diecezji chełmińskiej, a w 1836 utworzono Collegium Marianum, jedyną w zaborze pruskim polską szkołę średnią.
W roku 1852 oddano do użytku linię kolejową z Bydgoszczy do Gdańska przebiegającą przez Pelplin. Uroczyste otwarcie żelaznego szlaku z udziałem króla pruskiego Fryderyka Wilhelma IV odbyło się 5 sierpnia 1852 r. Na powitanie monarchy dzień wcześniej udał się do Bydgoszczy biskup Anastazy Sedlag, który towarzyszył królowi aż do Pelplina. Pociąg specjalny z dworem królewskim zatrzymał się przy moście nad Wierzycą (naprzeciwko obecnej ulicy Kościuszki). Tu król Fryderyk wyszedł ze swoją świtą z pociągu i podziwiał nowy most.