Poza identycznym przodem i kokpitem, samochód miał jednak dłuższe nadwozie i zupełnie inaczej stylizowany tył.
Drugi lifting (2004) Fiat Siena po drugiej modernizacji została przedstawiona w marcu 2004 roku. Przeszedł podobne zmiany techniczne jak bratni model Palio. Najmniejszy silnik ma pojemność 1,0 dm³ i moc maksymalną 48 kW (65 KM). Od czerwca 2006 produkowano model napędzany silnikiem Tetrafuel – benzynowo-alkoholowo-gazowym (CNG) o pojemności 1,4 dm³.
Podobnie jak poprzednio – po debiucie modelu po kolejnej modernizacji, schodzący wariant wciąż produkowany jest tańszy model Fiat Siena Fire Flexi silnikiem benzynowo-alkoholowym o pojemności 1,0 dm³.
Trzeci lifting (2007) Siena po trzeciej, ostatniej i zarazem najrozleglejszej modernizacji pojawiła się na rynku w 2007 roku. Samochód zyskał zupełnie inaczej stylizowany przód, inny kształt tylnej części nadwozia, a nawet inne przetłoczenia na drzwiach. Pojazd stał się także wyraźnie dłuższy, a także szerszy i wyższy. Nie zmieniono jednak wyglądu kokpitu, którego projekt pozostał głębiej niezmieniony w stosunku do modelu z 1996 roku.
Siena po trzecim liftingu napędzana była m.in. silnikiem Tetrafuel – benzynowo-alkoholowo-gazowym (CNG) o pojemności 1,4 dm³.