Pochowany został na Cmentarzu Salwatorskim (sektor SC7, rząd 10, nr grobu 46).

mały|Grób Franciszka Mączyńskiego na cmentarzu Salwatorskim Działalność architektoniczna przed I wojną światową Projekty Mączyńskiego sprzed I wojny światowej charakteryzują się własnym stylem, łączącym różne wpływy, takie jak historyzm, Art Nouveau, idea szczerości materiałowej (Materialgerechtigkeit) i malowniczość; do pewnego stopnia obecna jest także recepcja secesji wiedeńskiej i być może architektury Hendrika Petrusa Berlage.

Gmachy użyteczności publicznej i domy mieszkalne: Gmach Powiatowej Kasy Oszczędności Powiatu Krakowskiego w Krakowie (1897–1899, wraz z Tadeuszem Stryjeńskim); Pałac Sztuki w Krakowie (1898–1901) – secesyjny gmach wzorowany na pierwszych, wczesnych projektach (z 1897 roku) Pawilonu Secesji;