1906, wraz z Tadeuszem Stryjeńskim); Kościół Najświętszego Serca Pana Jezusa w Krakowie (1907–1921) wraz z budynkami klasztornymi zakonu jezuitów przy ulicy Kopernika – łączący elementy modernistyczne (pylonowa masywność portalu w wieży) z eklektycznymi nawiązaniami do romanizmu (kamienne apsydy z małymi oknami, biforia i triforia), gotyku (strzelistość, sklepienia krzyżowo-żebrowe, maswerki) i baroku (hełmy krucht i wieży); przy tym kościele znajduje się pomnik autorstwa Xawerego Dunikowskiego z 1912 przedstawiający Franciszka Mączyńskiego; Katedra ormiańska we Lwowie (1908-1910); Kościół w Białce Tatrzańskiej (1910); Kościół w Poroninie (1917–1926).
Działalność architektoniczna po I wojnie światowej Po pierwszej wojnie światowej twórczość Mączyńskiego odchodzi od secesji i historyzmu w kierunku modernizmu. W pierwszych powojennych projektach wprowadził elementy monumentalnego klasycyzmu, natomiast w latach 30.