Według niektórych informacji loża w 1963 skontaktowała się z Paryżem. Obydwie loże ustaliły, że uznają się wzajemnie, zaś loża warszawska, będąc w głębokiej konspiracji, zgodziła się, by polskie wolnomularstwo reprezentowane było na świecie przez lożę paryską. Konspiracja wywołana była m.in. obawami o przetrwanie loży oraz chęcią uniknięcia sytuacji, w której władze PRL próbowałyby ingerować w działalność lożową. Jak wspominał Tadeusz Gliwic: "przez wiele lat działaliśmy w ścisłej konspiracji, było nas niewielu, zaledwie 15 osób, co było istotne ze względów bezpieczeństwa".
Faktycznie, w latach 1961-1989 inicjowano w warszawskim Koperniku zaledwie ok. 20 osób. 19 lutego 1961 do loży przyjęto Jana Józefa Lipskiego i Klemensa Aleksandrowicza. Wznowił swoje działania również Włodzimierz Zonn. 26 marca 1972 do loży przyjęto Ludwika Cohna i Jerzego Jasińskiego, 5 listopada 1972 Janusza Maciejewskiego, zaś 10 grudnia 1972 Edwarda Lipińskiego i Antoniego Słonimskiego.
9 listopada 1975 do loży przyjęto Jana Kielanowskiego, 12 kwietnia 1981 Klemensa Szaniawskiego. 20 maja 1986 przyjęto do loży Stanisława Wydźgę, 20 listopada 1986 Huberta Janowskiego, zaś 5 lutego 1987 Ignacego Sieradzkiego. 24 kwietnia 1987 przyjęto Tadeusza Cegielskiego oraz Jana Kurmana.