Wnętrze i wyposażenie Wnętrze bazyliki podzielono na trzy nawy. Sklepienia, jako pierwsze w Krakowie, wykonano z żelbetu. Posadzka naśladuje wzory z kościołów starochrześcijańskich. W latach 1914–1918 wykonano polichromię sklepień według projektu Jana Bukowskiego. Mozaiki do nawy głównej w 1922 roku zaprojektował Leonard Strojnowski, ławki zaprojektował Franciszek Mączyński, a dekorację konfesjonałów Jan Bukowski. Stacje drogi krzyżowej zakupił we Francji w 1937 roku zakon jezuitów, z przeznaczeniem do kościołów w Kołomyi, jednak w 1946 roku przywieziono je do Krakowa i zamontowano w 1959 roku.
Ołtarz główny, zbudowany w latach 1915–1920, jest dziełem Franciszka Mączyńskiego. Fryz mozaikowy w prezbiterium zaprojektował w 1913 roku Piotr Stachiewicz, a wykonała firma Angelo Gianese w Wenecji. W kościele umieszczony został w 1921 roku. Mozaika ma 30 metrów długości, przedstawia hołd złożony Chrystusowi przez świętych i błogosławionych polskich, prowadzonych przez św. Stanisława oraz naród polski, wiedziony do Jezusa przez królową Jadwigę Andegawenkę i jej męża, króla Władysława Jagiełłę.