Pomimo że pierwsze rośliny, kolonizujące tereny o podwyższonej zawartości metali ciężkich, to zazwyczaj gatunki niemikoryzowe, wykształcenie prawidłowej struktury gleby zależy od pojawienia się symbiotycznych grzybów. Zdolność do wiązania i detoksykacji metali ciężkich w częściach podziemnych rośliny, uzyskana dzięki mikoryzie, okazała się szczególnie przydatna do stymulacji wzrostu roślin uprawnych hodowanych na podłożach zanieczyszczonych. Gatunki stosowane w tej metodzie stabilizacja arsenu – Populus sp. (toleruje stężenie tego pierwiastka w glebie do 1250 mg/kg)
stabilizacja chromu – Brassica juncea (redukuje chrom)
stabilizacja miedzi, cynku, ołowiu – niektóre gatunki traw m.in. Festuca rubra, Agrostis sp. Substancje stosowane w fitoremediacji metali ciężkich Związki fosforanowe (ortofosforan wapnia, Na2HPO4, K2HPO4)
Uwodnione tlenki żelaza (odpady zawierające tlenki żelaza)
Minerały ilaste (naturalne i sztuczne glinokrzemiany, w tym zeolity)