Santos Laguna zakończyła rozgrywki na ostatnim, piątym miejscu w grupie 2 (29 punktów), nie kwalifikując się do fazy play–off.
Pierwszym większym sukcesem, który odniósł zespół z Torreón, było wicemistrzostwo Meksyku w sezonie 1993/94. Laguneros w dwumeczu finałowym play–offów ulegli Tecos UAG łącznym wynikiem 1:2 (1:0, 0:2).
Przed sezonem Invierno 1996 szeregi drużyny zasilił 22-letni napastnik Atlasu, Jared Borgetti. Był on związany z Santos Laguną przez następnych osiem lat, stając się legendą klubu. Borgetti jest najlepszym strzelcem w historii Wojowników (159 goli w regularnym sezonie ligowym i 30 w fazie play–off). Jest także zawodnikiem, który rozegrał najwięcej meczów dla zespołu (256 w lidze i 39 play–offach). Dwukrotnie zwyciężył z zespołem w rozgrywkach meksykańskiej Primera División – jesienią 1996 i wiosną 2001. Wywalczył także wicemistrzostwo w sezonie Verano 2000.
Santos Laguna zdobyła trzeci tytuł mistrzowski wiosną 2008, pokonując Cruz Azul (2:1, 1:1), natomiast dwa lata później tytuł wicemistrzowski, ulegając Toluce (2:2, 0:0, 3:4 po karnych). Do tych sukcesów najbardziej przyczynili się Christian Benítez, Daniel Ludueña i Vicente Vuoso.