Podobnie jak z zewnątrz, tak i wewnątrz producent zdecydował się zastosować ewolucyjne rozwinięcie koncepcji stosowanej w drugiej generacji. Przeprojektowana została konsola centralna, zachowując podobną tonację materiałów wykończeniowych. Po raz pierwszy zastosowano kolorowy, dotykowy ekran wyposażony w odtwarzacz DVD, zachowując przy tym rozbudowany system audio obsługujący płyty CD. Po raz pierwszy w historii, samochód trafił do sprzedaży także w wydłużonej odmianie o nazwie Lincoln Navigator L. Wyróżniła się ona większym rozstawem osi, a także obszerniejszym przedziałem transportowym oraz drugim rzędem siedzeń.
Lifting W styczniu 2014 roku Lincoln przedstawił Navigatora III po rozległej modernizacji, ponownie unowocześniając konstrukcję wywodzącą się oryginalnie z 2002 roku. Samochód otrzymał zupełnie nowy pas przedni z dużym, dwuczęściowym grillem przedzielonym logo producenta, nawiązując do innych nowych modeli Lincolna przedstawionych w tym czasie. Zmieniono także wygląd tylnej części nadwozia, gdzie zniknęło logo producenta na rzecz dużego napisu LINCOLN.