Na początku wojny roku 1812 wyznaczony na dowódcę pospolitego ruszenia Petersburga, a następnie Moskwy. Po wycofaniu wojsk rosyjskich ze Smoleńska, 8 sierpnia wyznaczony na naczelnego dowódcę wojsk rosyjskich. 17 sierpnia przybył na pole walki, przejął dowództwo armii rosyjskiej z rąk ówczesnego ministra wojny Barclaya de Tolly i podjął decyzje o wydaniu bitwy pod Borodino na 26 sierpnia. Poniósł porażkę, jednak armia rosyjska nie została rozbita. Brak sił nie pozwolił na przeprowadzenie kontrnatarcia. Dążąc do ratowania reszty sił podjął decyzję o wycofaniu, kontynuując strategię Barclaya de Tolly wciągnięcia Francuzów w głąb Rosji, wyczerpania sił i przygotowania własnego przeciwuderzenia. Bez walk oddał Moskwę. Decyzja ta była wówczas krytykowana przez część generalicjiA.Uffindell, s. 352.. Kutuzow wykonał wówczas manewr z drogi na Riazań na drogę do Kaługi. Zatrzymał armie w obozie w Tarutino na południowy zachód od Moskwy, gdzie zmobilizował nowe siły i uzupełnił środki. 6 października w bitwie pod Tarutinem odniósł zwycięstwo nad korpusem francuskim i zmusił Napoleona do przyspieszenia wycofania wojsk z Moskwy. Pod Małojarosławcem zagrodził wojskom francuskim drogę na południe, zmusił je do wycofania po zniszczonej drodze smoleńskiej. Napierając na nieprzyjaciela odniósł kilka zwycięstw, m.in. pod Wiaźmą i Krasnym.