1915–1919 W 1915, po opuszczeniu Warszawy przez Rosjan kuratelę nad Ogrodem Botanicznym powierzono Walerianowi Kronenbergowi, zaś pieczę naukową Józefowi Trzebińskiemu. W 1916 Ogród Botaniczny przeszedł znów pod pieczę odrodzonego Uniwersytetu Warszawskiego, a jego dyrektorem został prof. Zygmunt Wóycicki. Rozpoczęto odbudowę Ogrodu, wyremontowano szklarnie, założono szereg nowych działów i wzbogacono kolekcje roślinne nowymi gatunkami. W tym okresie wzniesiono też pomniki upamiętniające założyciela Ogrodu profesora Michała Szuberta (1917) oraz profesora Jakuba Ignacego Wagi (1918).
W końcu roku 1919 dyrektorem Ogrodu Botanicznego oraz równocześnie Kierownikiem Katedry Systematyki i Geografii Roślin został profesor Bolesław Hryniewiecki, zaś inspektorami kolejno Władysław Kociejowski i prof. Roman Kobendza (1926–1950).
II wojna światowa W sierpniu 1942 roku okupanci hitlerowscy usunęli cały personel naukowy, a Ogród Botaniczny w całości przyłączono do Parku Łazienkowskiego. Jednak dzieła ostatecznego zniszczenia dokonano w roku 1944 podczas powstania warszawskiego, kiedy to legły w gruzach wszystkie budynki ogrodowe oraz szklarnie, a teren stał się wielkim pogorzeliskiem.