Historia Miejscowość została założona przed 1399 rokiem. Legenda głosi, że wieś założył rycerz Zyndram z MaszkowicZ dokumentu królewskiego z 1426 wynika, iż Zyndram z Maszkowic, którego siedzibą były Maszkowice koło Nowego Sącza, posiadał z nadania królewskiego w ziemi bieckiej wsie: Jaśliska, Zyndranowa, Lubatowa, Jasionka i Królików., osiedlając w niej jeńców pojmanych w bitwie pod Grunwaldem, jednak za datę powstania Zyndranowej przyjmuje się raczej koniec XIV wieku, a za założyciela Zyndrama z Jaślisk. Od końca XVI w. do końca XIX w. wieś była w posiadaniu kolejno Oktawiana Guczy, Cikowskich, Kobyleńskich i Męcińskich.
W czasie obydwu wojen światowych Zyndranowa była bardzo zniszczona. W czasie drugiej wojny znajdował się tu punkt dowodzenia gen. I. Afonina, kierującego natarciem na Przełęcz Dukielską.
Po 1944 w ramach akcji wysiedlania ludności ukraińskiej do ZSRR większość miejscowych Ukraińców przesiedlono do Odessy. Natomiast Łemkowie wysiedleni podczas akcji „Wisła” powrócili częściowo po 1956. Przed wojną wieś liczyła ok. 180 numerów domów, .
Toponimika nazwy Nazwa wsi może wywodzić się od niemieckiego słowa zyndra, czyli kopalnia. Być może chodzi o kopalnie rudy żelaza.