organ ten został zniesiony w 2016 w związku z nowelizacją ustawy o IPN.
W 2002 zasiadł w Radzie Konsultacyjnej Centrum Monitoringu Wolności Prasy Stowarzyszenia Dziennikarzy Polskich. Członek jury Nagrody Literackiej i Historycznej Identitas. Zasiadał w Radzie Muzeum przy Muzeum Historii Żydów Polskich Polin w Warszawie.
W 2019 ukazała się jego biografia, opracowana przez Patryka Pleskota w formie wywiadu, zatytułowana Góry i teczki. Opowieść człowieka umiarkowanego. Biografia mówiona Andrzeja Paczkowskiego (IPN, Warszawa 2019, ). Wśród wypromowanych przez niego doktorów znaleźli się (1993), (1997), Adam Burakowski (2007).
Pochowany na cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie.
Odznaczenia i wyróżnienia W 1980 został odznaczony Srebrnym Krzyżem Zasługi, w 2000 Krzyżem KawalerskimPostanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 13 grudnia 2000 r. o nadaniu orderów ()., a w 2011 Krzyżem OficerskimPostanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 5 grudnia 2011 r. o nadaniu orderów (). Orderu Odrodzenia Polski. W 2026 odznaczony pośmiertnie Krzyżem Komandorskim tego orderuPostanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 8 stycznia 2026 r. nr rej. 23/2026 o nadaniu orderu ()..