Milan jako obrońca trofeum wystartował w Pucharze Europy, jednak nie odniósł sukcesu, odpadając w ćwierćfinale z Realem Madryt. Nie do końca satysfakcjonujące wyniku spowodowały konflikty w klubie. Ich efektem było zwolnienie trenera Luisa Carnigli, którego zastąpił Liedholm. W Serie A Milan zajął trzecie miejsce.
Sezon 1964/65 Sezon 1964/65 rozpoczął się konfliktem Altafiniego z władzami klubu w sprawie nowego kontraktu. Ostatecznie Brazylijczyk został u siebie. Mimo teoretycznego osłabienia Milan po 19. kolejkach miał aż 7 punktów przewagi nad Interem. W lutym Altafini niespodziewanie powrócił do składu zespołu. Niepokonany dotychczas Milan przegrał na San Siro z Vicenzą 0:1. Gwiazdorskie zachowanie Altafiniego spowodowało zepsucie atmosfery w zespole. Na 3 kolejki przed końcem Milan stracił prowadzenie na rzecz swoich mediolańskich sąsiadów i zakończył sezon na drugim miejscu.