Był założycielem bogatego Muzeum Geologicznego działającego przy Politechnice Lwowskiej. Eksponaty tego muzeum zostały przejęte przez władze radzieckie wraz z innym wyposażeniem Politechniki Lwowskiej w okresie po 17 września 1939 roku. W 1963 roku zostały przeniesione ze Lwowa do Stanisławowa, obecnie znajdują się jako ekspozycja w tamtejszym Narodowym Technicznym Uniwersytecie Nafty i Gazu.
Wraz z m.in. Feliksem Kreutzem uczestniczył w Komitecie Redakcyjnym Atlasu geologicznego Galicji. Wraz z m.in. Feliksem Kreutzem i Bronisławem Radziszewskim był założycielem i członkiem Polskiego Towarzystwa Przyrodników im. Kopernika we Lwowie.
W 1908 przeniesiony w stan spoczynku, w 1912 mianowany profesorem honorowym Politechniki Lwowskiej. Członek rzeczywisty Polskiej Akademii Umiejętności i Towarzystwa Naukowego im. Szewczenki, któremu zapisał swoją bibliotekę i prywatne zbiory.
Grób Juliana Niedźwiedzkiego z biegiem lat uległ zatarciu. Jego ponownej budowy podjęto się po 1993 roku.