Często nie był jednak w stanie przeciwstawić się większości działań Republikanów.
W lutym 1866, odrzucając weto Johnsona, Kongres uchwalił ustawę o Biurze Wyzwoleńców (Freedmens Bureau Bill) przedłużającą okres funkcjonowania powstałej 3 marca 1865 agendy, zwanej Biurem Uchodźców, Wyzwoleńców i Opuszczonych Ziem (Bureau of Refugees, Freedmen and Abandoned Lands). Wchodziła w skład Departamentu Wojny, zajmowała się pomocą medyczną i aprowizacyjną oraz zakładaniem szkół. W marcu tego samego roku uchwalono ustawę o prawach obywatelskich (Civil Rights Act) nakazującą równe w sensie prawnym traktowanie białych i czarnych. W marcu 1867 ustawa o uprawnieniach wojskowych (Army Appropriation Act) ograniczała uprawnienia prezydenta jako naczelnego wodza, wzmacniając jednocześnie pozycję generała armii (sprawowaną wówczas przez późniejszego prezydenta gen. Granta). Kongres pragnął wyłączyć wprowadzony system rządów wojskowych na Południu (p. niżej) spod gestii prezydenta. Również w marcu 1867 Kongres przegłosował odrzucenie prezydenckiego weto w sprawie ustawy o piastowaniu urzędów (Tenure of Office Act). Ustawa ta zabraniała prezydentowi dymisjonować urzędników cywilnych, w tym także członków rządu, bez zgody SenatuKonstytucja w art.