Dopływy powierzchniowe z obszaru zbudowanego ze skał węglanowych są zazwyczaj okresowe. Bezwodne są stoki Kominiarskiego Wierchu, okresowo tylko spływają wody z doliny Głębowiec i Doliny Dudowej. Okresowo spływający potok z Doliny Dudowej tworzy przy ujściu stożek napływowy z naniesionego rumoszu skalnego, zwężający koryto Chochołowskiego Potoku, nanos ten jest jednak stale przez Chochołowski Potok znoszony w dół. Tuż poniżej ujścia potoku z Doliny Dudowej na wysokości 988 m znajduje się Wywierzysko Chochołowskie odwadniające masyw Kominiarskiego Wierchu, wypływa nim także część wód Chochołowskiego Potoku zanikająca w ponorze powyżej. Wywierzysko ma wydajność około 500 l/s i temperaturę wody około 5 °C. Niewielkie wywierzysko o wydajności około 12 l/s znajduje się także po przeciwnej, lewej stronie potoku.
W dolnym biegu do Chochołowskiego Potoku uchodzą niewielkie cieki z Doliny Długiej, Małych Korycisk i Wielkich Korycisk. Na polanie Huciska potok rozlewa się szeroko. U wylotu z Tatr koryto osiąga szerokość do 8 m i w całości utworzone jest w naniesionym przez potok materiale akumulacyjnym. Od ujścia potoku z Wielkich Korycisk zmienia nazwę na Siwą Wodę.