W 1972 r. został wybrany do Prezydium Komitetu Nauk Filozoficznych Polskiej Akademii Nauk, pozostając jego członkiem do 1986. W latach 1986–1993 członek korespondent Polskiej Akademii Nauk, od 1994 był członkiem rzeczywistym PAN. W latach 1979–1990 i 2002–2006 był członkiem Centralnej Komisji Kwalifikacyjnej do Spraw Kadr Naukowych przy Prezesie Rady Ministrów. Od 1983 był członkiem Narodowej Rady Kultury aż do jej rozwiązania w 1990 r. W latach 1986–1990 uczestniczył w pracach Komisji Ocen Badań Podstawowych przy Ministerstwie Nauki i Szkolnictwa Wyższego oraz Komisji Ocen Badań Podstawowych Polskiej Akademii Nauk. Należał do Polskiego Towarzystwa Filozoficznego i Poznańskiego Towarzystwa Przyjaciół Nauk.
Ideowo związany z poznańską szkołą metodologiczną, którą współtworzył wraz z Leszkiem Nowakiem i Jerzym Topolskim.
Prof. Jerzy Kmita jest autorem 16 książek, ok. 200 artykułów naukowych w czasopismach i pracach zbiorowych, recenzji i omówień, ponad 100 tekstów popularnonaukowych i eseistyczno-publicystycznych oraz 13 redakcji książek wieloautorskich.
Zmarł w Poznaniu, pochowany w Alei Zasłużonych cmentarza Junikowo (pole AZ, kwatera 2-L-27D).