Uchwały Rady Stanu – oprócz wyroków wydawanych jako Sąd Kasacyjny – wymagały zatwierdzenia króla. Od 1807 Rada Stanu była faktycznym rządem Księstwa, co oficjalnie potwierdzone zostało dekretami z 25 marca i 20 kwietnia 1809. W marcu 1810 utraciła jednak swą dotychczasową pozycję.

Organizacja Organizacja Rady Stanu ustalona została ostatecznie w 1810 roku. Składała się ona wówczas z czterech sekcji, których zadaniem było przygotowywanie projektów uchwał w sprawach legislacyjnych i administracyjnych oraz Komisji Podań i Instrukcji, zajmującej się sprawami związanymi z rolą sądowniczą Rady Stanu.

Akta Rady Stanu z niewielkimi stratami przetrwały II wojnę światową i obecnie znajdują się w Archiwum Głównym Akt Dawnych w dwu zespołach: Rada Stanu i Rada Ministrów Księstwa Warszawskiego (9 mb) i Archiwum Publiczne Potockich (korespondencja prezesa Rady, Stanisława Kostki Potockiego).

Prezesi Rady Stanu Stanisław Małachowski – od 5 października 1807 do grudnia 1807 (zrezygnował) Ludwik Szymon Gutakowski – od 14 grudnia 1807 do listopada 1808 (zrezygnował) Stanisław Kostka Potocki – od 25 marca 1809