Ze starej bożnicy zachowano jedynie pierwotny obrys murów zewnętrznych oraz aron ha-kodesz.
W okresie międzywojennym ze względu na zły stan techniczny planowano przeprowadzić rozległy remont budynku, lecz wybuch II wojny światowej przerwał te plany. Jeszcze w XIX w., zgodnie z tradycją, synagoga Maharszala była miejscem obrad przedstawicieli całej gminy żydowskiej, którzy podejmowali tu ważne dla społeczności decyzje. Ostatnim przedwojennym zarządzającym synagogą był Dawid Keller, który pełnił tam również zaszczytną rolę odczytywania wersetów Tory, tzw. bał-kore.
Podczas II wojny światowej niemieckie władze okupacyjne nakazały zamknąć synagogę dla celów kultowych. Ze względu na jej dużą powierzchnię, w jej wnętrzu ulokowano schronisko dla ubogich, uchodźców, wysiedleńców oraz kuchnię ludową dla biednych Żydów z getta. W marcu i kwietniu 1942 hitlerowcy doszczętnie zdewastowali wnętrze synagogi i zamienili je w punkt zborny dla osób, z których formowano transporty do obozu zagłady w Bełżcu. Średnio każdej nocy gromadzono w niej około 1500 Żydów, których następnie pędzono przez Kalinowszczyznę na rampę za Rzeźnią Miejską, skąd odchodziły pociągi do Bełżca. Po likwidacji lubelskiego getta synagoga została wysadzona w powietrze.