W okresie międzywojennym, ze względu na zły stan techniczny, planowano przeprowadzić rozległy remont budynku, lecz wybuch wojny przerwał te plany. Podczas II wojny światowej niemieckie władze okupacyjne nakazały zamknąć synagogę dla celów kultowych. W jej wnętrzu znajdowało się schronisko dla ubogich, uchodźców i wysiedleńców. Po likwidacji lubelskiego getta synagoga w 1942 wraz z całym kompleksem synagogalnym została wysadzona w powietrze.
Po zakończeniu wojny ruiny synagogi stały jeszcze przez kilka lat. Zostały rozebrane w 1954 na polecenie ówczesnych władz miasta, ze względu na budowę nowej sieci dróg. O synagodze przypomina jedynie wbudowana w stok wzgórza zamkowego, wykonana z granitu tablica pamiątkowa, na której znajduje się, upamiętniający to miejsce, napis w językach polskim, jidysz i hebrajskim.
W 2007 z inicjatywy Ośrodka Brama Grodzka-Teatr NN stworzono komputerowy, trójwymiarowy model synagogi Maharszala i Maharama. Jej projekt w komputerowej Technologii Rzeczywistości Wirtualnej przygotował Krzysztof Mucha ze spółki Servodata ElektronikMałgorzata Szlachetka, Wirtualna synagoga z Lublina – gazeta.pl, 14.06.2007 (ostatni dostęp 15.06.2007).