28 sierpnia 2001 roku Ata kupił na stronie internetowej American Airlines dwa miejsca w samolocie nr 11 dla siebie i drugiego porywacza, Abdulaziza al-Omari. mały|Muhammad Ata (z prawej) i Abdulaziz al-Omari na lotnisku Portland International Jetport 11 września 2001 roku. 10 września 2001 roku Ata i Abdulaziz polecieli z Bostonu do Portland w stanie Maine. Następnego dnia wrócili z Portland do Bostonu, gdzie wsiedli na pokład samolotu lotu 11 wraz z trzema innymi porywaczami. Ata i czterej pozostali porywacze uprowadzili lot 11 na krótko przed osiągnięciem wysokości przelotowej, samolot został skierowany w kierunku Nowego Jorku. O godzinie 8:46 samolot wbił się w północną wieżę World Trade Center. Bagaż Aty został później znaleziony na lotnisku Logan w Bostonie. Zawierał list opisujący, jak porywacze powinni postępować podczas takiego ataku.
Odniesienia w kulturze masowej Utwór „Jihad” zespołu Slayer, zawarty na albumie Christ Illusion (2006), opowiada o zamachach z 11 września z perspektywy Muhammada Aty. Na końcu utworu wokalista odczytuje list napisany przez Atę przed atakami na wieże. Utwór pt.