Wody płynące kanałem napełniały również gdańskie fosy, zarówno miejskie, jak i zamkowe.
Nad kanałem powstawały młyny (już z 1367 r. pochodzi wzmianka o „starym młynie” oraz śluzie pozwalającej regulować stan wody i głębokość kanału poniżej Pruszcza), kuźnie i tartaki – Krzyżacy zbudowali w Pruszczu młyn wodny, unowocześniony w 1619 roku przez Jakuba van den Blocke i Jana Strakowskiego. Ze względu na strategiczny charakter kanału, w średniowieczu i czasach nowożytnych był on strzeżony przez basteję, znajdującą się między śluzą a Kościołem Podwyższenia Krzyża Świętego w Pruszczu.
Na przełomie XVI i XVII wieku Gdańsk został obwarowany nowożytnymi fortyfikacjami. Problem przeprowadzenia wód kanału przez nowe wały rozwiązano przez budowę sklepionego kanału w lewym czole bastionu św. Elżbiety, którą zakończono w 1563. Z kolei dla rozwiązania problemu różnicy poziomów wody w fosie i Kanale (poziom w fosie był o kilka metrów niższy niż poziom wody w Kanale Raduni w miejscu jej przejścia przez fortyfikacje) zbudowano przepust, który otrzymał formę wspartego na łękach murowanego akweduktu.