Na wewnętrznym dziedzińcu urządzony jest miniogród i lapidarium kamiennych rzeźb i detali pochodzących ze zniszczonych kamienic kłodzkich.
Warte uwagi są również zabytkowe wnętrza: biblioteka, dawny refektarz z sufitem o fasetowych narożach zdobionym stiukami; na stropie ornament perełkowy, z herbem założyciela fundacji organizującej konwikt, Krzysztofa Metzingera von Kaltensteina, w centralnym punkcie dwukondygnacyjna sala koncertowa, dawniej kaplica św. Alojzego, Salon Złoty, sala konferencyjna, barokowa klatka schodowa, średniowieczne labirynty piwnic.
Zbiory muzealne i działalność thumb|Płaskorzeźba z 1525 przedstawiająca Veraicon, upamiętniająca wielki pożar w Kłodzku Największe kolekcje muzealne stanowią: zbiór konwisarski, numizmatyczny, zegarów śląskich, współczesnego unikatowego szkła artystycznego i dzieł sztuk plastycznych. Działająca w muzeum biblioteka naukowa posiada zbiór literatury regionalnej liczący ponad 9500 woluminów: książki, czasopisma regionalne, dokumentacje konserwatorskie i studia historyczno-architektoniczne zabytków regionu i teki wycinków prasowych.