Z tego, że uderzenie na Wilno nie jest w sensie wojskowym wykonaniem planu „Burza”, zdawał sobie także sprawę, opracowując plan ataku na miasto, szef oddziału operacyjnego Okręgu Wileńskiego major Teodor Cetys ps. „Sław” i w rozkazach wyraźnie rozdzielał oba te zadania. Na odprawie w Komendzie Głównej Armii Krajowej zdymisjonowani zostali dowódca okręgu Armii Krajowej Nowogródek podpułkownik Szlaski oraz jego szef sztabu kapitan Czesław Sędziak ps. „Warta”, którzy ze względu na wcześniejsze intensywne starcia nowogródzkich oddziałów Armii Krajowej z partyzancką radziecką skłonni byli wycofać się na zachód i także z tego powodu byli negatywnie ustosunkowani do zamiaru zdobywania Wilna.
Oddziały partyzanckie, które wówczas działały w okręgach Wilno i Nowogródek, skupiały łącznie około 15 tys. żołnierzy, a razem z oddziałami garnizonowymi siły Armii Krajowej liczyły około 18 tys. ludzi. Nie prowadziły one jednak do tej pory działań nieregularnych i przygotowywane były do nich tylko teoretycznie. Zdobywanie umocnionych pozycji chronionych przez wojsko niemieckie mające doświadczenia z walk frontowych, w dodatku przy braku wsparcia broni ciężkiej, przekraczało ich możliwości.