Na początku 1939 na zaproszenie rządu włoskiego przebywał w Abisynii, gdzie pomagał w opanowaniu epidemii tyfusu plamistego. Po około 6 miesiącach powrócił do Lwowa w maju 1939. Zdecydował się na przerwanie prac, bowiem spodziewał się, że w razie wybuchu wojny nastąpi wzrost zagrożenia tyfusem.
Problem zwalczania tyfusu plamistego miał ogromne znaczenie dla obu okupantów ziem polskich, dlatego dążyli oni do przekształcenia laboratorium badawczego w zakład produkcyjny. W okresie pierwszej okupacji sowieckiej Lwowa (22 września 1939 – 29 czerwca 1941) produkcja szczepionki przeciwtyfusowej została znacznie rozbudowana, m.in. na skutek przekazania przez Sowietów na ten cel budynku gimnazjum żeńskiego im. Królowej Jadwigi.
Okres okupacji niemieckiej – Instytut ocala tysiące ludzi Po wkroczeniu Niemców do Lwowa 30 czerwca 1941 i zamordowaniu przez nich w nocy z 3 na 4 lipca grupy 25 polskich profesorów i kilkunastu członków ich rodzin na Wzgórzach Wuleckich sytuacja, w jakiej znalazło się lwowskie środowisko naukowe, stała się bardzo trudna. Skłoniło to Weigla do podjęcia się trudnego dzieła dalszego prowadzenia (jako kierownik naukowy) Instytutu Badań nad Tyfusem Plamistym i Wirusami na potrzeby armii niemieckiej. Widział w tym możliwość pomocy dla licznej rzeszy pozbawionych pracy profesorów i asystentów.