W 1983 objął stanowisko kierownika Zakładu Współczesnych Systemów Ustrojowych, a w 1990 kierownika Katedry Współczesnych Systemów Ustrojowych (obecnie Katedry Prawa Ustrojowego Porównawczego) na UJ. W latach 1996–2001 pełnił funkcję prodziekana Wydziału Prawa i Administracji Uniwersytetu Jagiellońskiego. Był opiekunem Katedry Prawa Konstytucyjnego na Wydziale Prawa Uniwersytetu w Białymstoku. Został kierownikiem Katedry Prawa Ustrojowego Porównawczego na Wydziale Prawa i Administracji Uniwersytetu Jagiellońskiego. Związany również z Uniwersytetem Pedagogicznym im. Komisji Edukacji Narodowej w Krakowie, Uniwersytetem Jana Kochanowskiego w Kielcach i Uniwersytetem Humanistyczno-Przyrodniczym im. Jana Długosza w Częstochowie.
Opublikował liczne prace naukowe z zakresu prawa konstytucyjnego. W 2001 z rekomendacji SLD został wybrany przez Sejm na urząd sędziego Trybunału Konstytucyjnego. Kadencję zakończył w 2010.
10 maja 2007 poseł Arkadiusz Mularczyk z PiS stwierdził, że z materiałów IPN wynika, iż Marian Grzybowski był kontaktem operacyjnym Ministerstwa Spraw Wewnętrznych PRL. Sędzia zaprzeczył jakoby był współpracownikiem służb specjalnych PRL.