W 1826 roku wprowadzono gulden Holenderskich Indii.
W latach 1825–1830 doszło do wybuchu powstania ludności tubylczej na Jawie pod przywództwem Pangerana. Walki przeciągały się ze względu na ich partyzancki charakter, ale w końcu powstańcy zostali spacyfikowani, a Pangerana wygnany na Celebes. Mniej więcej w tym samym czasie na Sumatrze doszło z kolei do walk na tle religijnym (tzw. Wojna Padri) z administracją holenderską, spokój udało się tu przywrócić dopiero w 1837 r.
W latach trzydziestych wprowadzono nowy model gospodarczy w kolonii tzw. Cultuurstelsel (System kultywacji). Polegał on na tym, że każda wioska miała przeznaczać jedną piątą swych upraw na cele eksportowe. Dzięki jego wprowadzeniu udało się zwiększyć wpływy do budżetu holenderskiego, a kolonia przynosząca ostatnio straty rozkwitła. W latach 1873–1908 Holendrzy prowadzili walki o podporządkowanie prowincji Aceh na Sumatrze, co udało im się dopiero po zaciekłych walkach z rebeliantami. W tym okresie zaczyna się także powiększać liczba ludności pochodzenia europejskiego, która zajmuje najlepiej płatne stanowiska w administracji i w handlu.