W związku z masową emigracją Żydów z Gdańska, w 1951 rozwiązano Kongregację Wyznania Mojżeszowego, a synagoga została przekazana obecnej Szkole Muzycznej II stopnia im. Fryderyka Chopina, która w 1953 przeprowadziła rozległy remont. Przedzielono wówczas główną salę modlitewną stropem, rozebrano galerie dla kobiet i usunięto symbole religijne.
W 2002 trwał spór pomiędzy Związkiem Gmin Wyznaniowych Żydowskich w RP a Niezależną Gminą Wyznania Mojżeszowego, o prawa własności do synagogi. Po licznych procesach sądowych prawo własności otrzymał ZGWŻDorota Mikłaszewicz, Spór o majątek gmin żydowskich w Gdańsku - gazeta.pl, 05.11.2002 (Ostatni dostęp: 05.11.2002). 5 października 2007 synagogę odwiedził Günter Grass, laureat literackiej Nagrody Nobla. Uczestniczył wraz z żoną Ute i siostrą Waltrauth Grass, ambasadorem Niemiec Michaelem Gerdtsem oraz konsulem Niemiec w Gdańsku Ute Minke-Koenig w wieczerzy rozpoczynającej szabat, na którą zaprosiła go Gmina Wyznaniowa Żydowska w GdańskuIzabela Jopkiewicz, Maciej Sandecki, Jakub Knera, Szabat Güntera Grassa - gazeta.pl, 05.10.2007 (Ostatni dostęp:05.10.2007).
31 sierpnia 2009 budynek synagogi przeszedł całkowicie pod zarządzanie filii gdańskiej Związku Gmin Wyznaniowych Żydowskich w RP.