organy sprzedano do Krakowa, świeczniki do Warszawy, ławy zborowi ewangelickiemu w Nowym Porcie, archiwum do Jerozolimy, a zbiory judaików wywieziono do Ameryki dzięki Jointowi (pozostają tam do dziś). Zbiory bogatej biblioteki wywieziono do Wilna.
thumb|220px|left|Przybądź kochany maju i uwolnij nas od Żydów – napis umieszczony przez nazistów thumb|240px|Teren zajmowany przez synagogę współcześnie Na początku 1939 roku synagoga została sprzedana Senatowi Wolnego Miasta Gdańska. 15 kwietnia 1939 roku w synagodze odbyło się ostatnie nabożeństwo szabatowe. Wkrótce została otoczona drewnianym płotem, na którym powieszono napis: Komm lieber Mai und mache von Juden uns jetzt frei, który znaczy Przybądź kochany maju i uwolnij nas od ŻydówMaciej Sandecki ""Popełniali samobójstwa, nie mogąc pogodzić się z jej zniszczeniem". Wielka Synagoga odżyje na nowo" [dostęp 14.11.2013]. 3 maja 1939 roku władze nazistowskie przystąpiły do rozbiórki synagogi.