Profesorowie byli z wykształcenia przyrodnikami – stąd okazy flory i fauny w sali, między innymi gabloty entomologiczne, w których znajdują się wielobarwne motyle. Interesujące są tu liczne okazy dermoplastyczne a także różne osobliwe eksponaty, np.: gniazdo remiza, ząb trzonowy mamuta czy podarowane przez uczniów pani Ireny muszle tropikalne. Z kolei zaprzyjaźniony z małżeństwem Mazarakich, dr Marian Kuc ze swoich dalekich podróży przywiózł pyski ryby piły oraz kręg lędźwiowy wieloryba. Sala geologiczna - prezentuje podstawowe skały i minerały występujące na obszarze między Krakowem a doliną Przemszy, zaliczanym do najbogatszych w osobliwości geologiczne regionów Polski. Ekspozycja pozwala prześledzić dzieje geologiczne ostatnich niespełna 400 mln lat, od dewonu po współczesność. Trzon wystawy tworzą trzy kolekcje: zbiory związane z górnictwem kruszcowym (m.in. okazy galeny i sfalerytu pochodzące z nieczynnej Kopalni Trzebionka), kolekcja araukarytów (skamieniałego drewna), której gromadzenie rozpoczęła Irena Mazaraki, oraz zbiór amonitów z unikatowej formacji oolitu balińskiego. Ważnym wątkiem ekspozycji jest także permski wulkanizm krakowski. Na wystawie prezentowane są ponadto okazy ilustrujące geologię regionu w różnych okresach, m.in.