Początki Gisele przyszła na świat w południowo-brazylijskiej Horizontinie. Jej rodzice, Vânia Maria Nonnenmacher i Valdir Reinoldo Bündchen, mają niemieckie korzenie. Gisele ma sześć sióstr, w tym jedną bliźniaczkę Patrícię (młodszą od Gisele o pięć minut). Początkowo Gisele chciała zostać zawodową siatkarką w barwach brazylijskiej drużyny Sogipa. W czasach szkolnych znana była pod wieloma przydomkami określającymi jej wyjątkowo szczupłe kształty. Wedle znanej anegdoty na temat odkrycia przyszłej gwiazdy światowych wybiegów, 14-letnia Gisele została wypatrzona przez pracownika agencji mody podczas posiłku w miejscowym McDonaldsie. Parę miesięcy wcześniej, na polecenie matki, ówczesna trzynastolatka zapisała się na kurs modelingu dla nastolatek wraz z dwiema siostrami. Rok później (tj. w 1994 r.), Gisele wyjechała do São Paulo, aby oceniono ją przez agentów prestiżowej agencji Elite. Następnie zgłoszono ją do ogólnokrajowego konkursu „Elite Look of the Year”, w którym zajęła drugie miejsce.