Samuel Linde urodził się w Toruniu jako najmłodszy syn mieszczanina, imigranta ze Szwecji, majstra ślusarskiego i rajcy Jana Jacobsena Lindego i Anny Barbary z domu Langenhann (lub Langenhan). Jego rodzina otrzymała polskie szlachectwo już w XVI wieku wraz z herbem Linda. Herb z nobilitacji, czyli za zasługi dla Rzeczypospolitej, sejm polski przyznał Mikołajowi de Linde, burgrabiemu i rajcy toruńskiemu 10 stycznia 1559. W uznaniu pracy Samuela Lindego nad słownikiem języka polskiego, herb ten w 1826 roku oficjalnie wzbogacono, dodając mu do tarczy herbowej wizerunek Słownika Lindego.
Uczęszczał do toruńskiej Szkoły Nowomiejskiej i protestanckiego Gimnazjum Akademickiego. Studiował (od roku 1789) teologię i filologię na Uniwersytecie w Lipsku. W roku 1791, po dwuletnich staraniach, został lektorem języka i literatury polskiej na tej uczelni. Studia ukończył w roku 1792 uzyskując na Wydziale Filozoficznym tytuł magistri diplomatici po przedstawieniu rozprawy De solatiis adversus mortis horrores in Platone et Novo Testamento obviis, co dało mu prawo wykładania na tamtejszym uniwersytecie.