Według jego projektu w latach 1935–1938 został wybudowany kościół św. Prokopa Opata w Błędowie w stylu zakopiańskim. W 1938 roku rozpoczął budowę domu własnego przy ul. Naruszewicza 20 w Warszawie (budowę przerwał wybuch wojny i została ona ukończona w 1948 roku). thumb|Grób Jana Witkiewicza Koszczyca na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie II wojnę światową spędził w okolicach Warszawy, a po jej zakończeniu mieszkał u córki w Warszawie. Po wojnie poświęcił się restauracji romańskiej kolegiaty w Tumie k. Łęczycy połączonej z regotycyzacją (1947–1954) i pałacu w Otwocku Wielkim (1947–1958). Pracował w Naczelnej Dyrekcji Muzeów i Ochrony Zabytków przy Ministerstwie Kultury i Sztuki. Współorganizował Instytut Urbanistyki i Architektury (1949). Od 1952 był członkiem tytularnym Polskiej Akademii Nauk.
Zmarł po długotrwałej ciężkiej chorobie 25 października 1958 w Warszawie, pochowany na cmentarzu Powązkowskim (kwatera 213-4-26).
Ordery i odznaczenia Order Sztandaru Pracy I klasy Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski (1929) Złoty Krzyż Zasługi (dwukrotnie: po raz drugi 29 października 1947 „za zasługi położone w zabezpieczeniu arcydzieł kultury polskiej”.)