Karą główną dla Królestwa, na które nałożono kontrybucję w wysokości 22 mln rubli, miało być zniesienie dotychczasowych swobód. Namiestnik rosyjski, feldmarszałek Iwan Paskiewicz, nakazał zamknięcie Uniwersytetu Warszawskiego i likwidację dotychczasowych komisji rządowych, oddając administrację ministerstwom rosyjskim. W miejsce województw powstały gubernie, polskie miary i wagi oraz system monetarny zastąpiły rosyjskie odpowiedniki. Powolnej rusyfikacji ulegało też szkolnictwo, a język rosyjski wypierał polski z urzędów wszystkich szczebli.
Najdroższe jednak kary dosięgły mieszkańców Litwy i innych dawnych ziem Rzeczypospolitej wcielonych do guberni rosyjskich. Nieposiadająca majątków drobna szlachta szaraczkowa została pozbawiona specjalnym ukazem carskim szlachectwa i uznana za chłopstwoOkoło 50 000 takich byłych rodzin szlacheckich zesłano w głąb Rosji na wieczyste osiedlenie.K.Groniowski, J.Skowronek, s. 118–121.. Mieszkańców tych ziem wyłączono z amnestii, jaka objęła Królestwo, a uczestnikom działań powstańczych skonfiskowano kilka tysięcy majątków. W 1839 zlikwidowano Kościół unicki, a wiernych siłą zmuszano do przechodzenia na prawosławieArchiwum Główne Akt Dawnych..